中药经微生物发酵是中药发挥药理作用的关键过程。益生菌发酵中药具有提高有效成分含量、增强药效、扩大适应证、降低中药毒性、调节肠道菌群等作用。
中药的现代发酵技术是以传统发酵技术与微生物学相结合发展而来，通常的发酵方式有固体发酵、液体发酵和双向发酵。
固体发酵历史悠久，是在传统的制曲工艺基础上发展而来的，以中药材作为营养发酵基质，通常是 1 种或几种益生菌作为发酵菌株，从治疗效果来看，由固体发酵获得的制剂不亚于液体发酵，在一定条件下进行发酵固体发酵存在诸多局限性。比如所用发酵菌株局限于低湿状态下生长的菌株，发酵速度慢导致的产量较低，发酵体系开放易染杂菌且影响产品质量，发酵终点和质量控制没有科学的指标作为依据，通常是根据人为经验操作。
液体发酵是由抗生素生产工艺发展而来的，又称为深层发酵，将菌株活化培养至良好的生长状态，然后接种至培养液内，培养液由培养基和中药材按一定比例充分混合而成，在适宜的含氧量和温度下培养发酵，产物由菌体和发酵液二部分组成。中药材发酵后，有效成分增加，生物转化效果提高。相较于固体发酵，液体发酵的优势在于发酵自动化、生产费用低、产物稳定性高、物质传递率高、 生产条件量化，可以应用于工业化生产。
使用益生菌发酵中药，乳杆菌、肠球菌、酵母菌、双歧杆菌、芽孢杆菌属等是常见益生菌，在治疗疾病、化妆品、保健品和畜牧业等领域均有报道。根据菌株生长条件可分为好氧发酵、兼性厌氧发酵和厌氧发酵，发酵涉及不同类型的益生菌时，它们的最适 pH 可能不同，且发酵液中积累的乳酸在氧气耗尽后可抑制好氧型菌的正常生长，所以可采用多级联合发酵，即 2 种或者 2 种以上的发酵方式组合，菌株之间实现了互惠互利，提高了生产效率和活性成分含量。
微生物发酵中药改变了煎、煮、熬、炼、蒸、浸的传统操作工艺，它的优点还在于以下几个方面：
益生菌在新陈代谢中会产生纤维素酶、纤维二糖酶、蛋白酶、半乳糖酶、碳水化合物活 性酶等，可以裂解药用植物的细胞壁，降低多糖等对有效成分的包裹作用，析出更多的生物碱、黄酮、糖 苷、有机酸和萜类等有效成分，提高药效。
中药巴豆性热、有毒、泻寒、通关窍，利用急性毒性实验法检测巴豆毒性后，发现发酵的巴豆毒性降低。大黄经酵母菌作用后，总蒽醌中游离型占比增多，结合型蒽醌占比减少，肠道刺激感减轻，泻下作5 用减弱。此外，马钱子本身具有镇痛和消炎的功效，利用真菌对马钱子进行发酵后，既保持了原有的中 药作用，又使得其毒性降低。
利用益生菌枯草芽孢杆菌对中草药三七根须进行发酵，经分离鉴定发现益生菌发酵后产生了人参皂苷 Rh4 新成分。
益生菌发酵中药过程中产生的氨基酸、核酸、生物素、乳酸、B 族维生素、微量元素等成分，这些有益菌的代谢产物可保留在产品中，为患者提供更丰富的营养支持；而产生的乳酸、 乙酸等酸味物质，乙酸乙酯、乙酸苯乙酯等酯香物质，另外还会掺杂一些高级醇，改善传统中药的口感。
益生菌发酵中药过程中产生的氨基酸、核酸、生物素、乳酸、B 族维生素、 微量元素等成分，这些有益菌的代谢产物可保留在产品中，为患者提供更丰富的营养支持。
益生菌发酵中药应用在抗肿瘤、降血糖、肝脏疾病、肠道疾病 、皮炎 、骨质疏松 、 保健品、 化妆品 、 畜牧养殖业等方面。这种发酵方式的特点是可以获得更多的有效目标成分来 提高药效、产生次级代谢产物扩大了适应症、提高了中药利用率，节约成本、丰富了中药产品的营养结构、 降低了中药的毒性和改善了中药产品的口味。
（引用刘波，张鹏翼，孟祥璟，张祥奎，李敏，段崇刚，张兰英，张岱州，凌沛学．益生菌发酵中药方法概述及其应用研究进展．中国现代中药.
▶注：益生菌知识普及，不作医疗指导作用。
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